Χαράζετε σταυρωτά τον πάτο των ντοματών και τις ρίχνετε σε ένα κατσαρολάκι με νερό που σιγοβράζει. Τις στραγγίζετε, τις κρυώνετε με τρεχούμενο νερό, τις ξεφλουδίζετε και τις ψιλοκόβετε.

Ζεσταίνετε το ελαιόλαδο σε μια άβαθη, πλατύστομη κατσαρόλα και σοτάρετε μέσα τις σουπιές μαζί με το κρεμμύδι, μέχρι μόλις να αρχίσει να παίρνει χρώμα το κρεμμύδι και τις σβήνετε με το κρασί. Αφήνετε να κοχλάσουν για λίγο μέχρι να εξατμιστεί το κρασί και να μείνει το 1/4 περίπου και προσθέτετε τις ψιλοκομμένες ντομάτες, τον ντοματοπελτέ, τη ζάχαρη, την κανέλα, τα γαρίφαλα, ελάχιστο αλάτι (τα μαλάκια έχουν το δικό τους αλάτι) και μπόλικο πιπέρι. Όταν κοχλάσουν, χαμηλώνετε τη φωτιά, σκεπάζετε την κατσαρόλα και σιγοψήνετε το φαγητό για 15-20 περίπου λεπτά, μέχρι να δέσει η σάλτσα του, ανακατεύοντάς το συχνά (τα μαλάκια πιάνουν εύκολα στην κατσαρόλα).

Στο μεταξύ, ετοιμάζετε το σπανάκι: Σοτάρετε σε μια κατσαρόλα στο ελαιόλαδο τα κρεμμυδάκια μέχρι να μαραθούν. Ξεπλένετε καλά το σπανάκι και το ρίχνετε στη κατσαρόλα με όσο νερό κόλλησε στα φύλλα τους. Ύστερα το αλατοπιπερώνετε, ανακατεύετε μέχρι να κατεβάσει το νερό του και να εξατμιστεί όλο και το αποσύρετε από τη φωτιά. Το αρωματίζετε ανακατεύοντας μέσα το μισό πέστο με ελαιόλαδο.Σερβίρετε το σπανάκι σε 4 πιάτα, βάζετε από πάνω τις σουπιές και τα γαρνίρετε με το υπόλοιπο αραιωμένο πέστο.Παραλλαγή: Μπορείτε μαζί με τις ντομάτες να βάλετε και το σπανάκι και να το ψήσετε μαζί με το φαγητό, χωρίς να το σοτάρετε με κρεμμυδάκι φρέσκο και χωρίς να χρησιμοποιήσετε το πέστο βασιλικού. Επίσης, μπορείτε να αντικαταστήσετε τις 2 ντομάτες και πελτέ ντομάτας με 1 φλιτζάνι ψιλοκομμένα ντοματάκια κονσέρβας.