Προθερµαίνετε το γκριλ του φούρνου. Βάζετε από κάτω τις πιπεριές µέσα σε ένα ταψί του φούρνου ντυµένο µε αλουµινόχαρτο και τις ψήνετε γυρίζοντάς τις µέχρι να καψαλιστούν. Τις βγάζετε και τις βάζετε αµέσως σε πλαστική σακούλα µέχρι να κρυώσουν (αν χρειαστεί, ψήνετε τις πιπεριές σε δυο δόσεις).

Ξεφλουδίζετε τις πιπεριές (η πολύ λεπτή φλούδα τους βγαίνει πολύ εύκολα) και τις κόβετε σε τετραγωνάκια -µικρές µπουκίτσες. Τις βάζετε σε ένα µπολ µαζί µε το θυµάρι, το σκόρδο, αλάτι και πιπέρι και τις περιχύνετε µε το λάδι και το ξίδι. Σκεπάζετε το µπολ µε πλαστική µεµβράνη και τις αφήνετε για µερικές ώρες στην άκρη για να σµίξουν τα αρώµατα.

Μοιράζετε τις µισές πιπεριές (χωρίς το λάδι τους) σε 6 µικρά µπολάκια ή ποτηράκια, βάζετε από πάνω το µισό τυρί, συνεχίζετε µε τις υπόλοιπες πιπεριές και τελειώνετε µε το υπόλοιπο τυρί.Αν θέλετε, µπορείτε να γαρνίρετε την επιφάνειά τους µε µισά ντοµατίνια και κλωναράκια θυµαριού.